对“系统化整合教材”的研究来源于历史学科教学中的实践操作，然后再上升到理论层面加以研究，接着又重新回归到历史课堂教学的实践。通过“实践----理论----实践”的过程，学生的学习效果是良好的，教师的教学成效也是显著的。但“金无足赤，人无完人”，“系统化整合教材”也存在着一定的局限，主要遇到的问题有：
（一）从主观而言，教师自身的水平局限：“系统化整合教材”实施的前提是教师要有广博丰厚的知识面，只有左右逢源，触类旁通，才能以简驭繁，举一反三。所谓“打铁先得本身硬”。目前有效的解决办法是鼓励教师开展“读书”活动，涉猎多方面、多学科的各种知识，不断积淀，深厚功底，才能在课堂教学中从容、准确、全面地应对各种各样的学生提问，才能引导学生的思维朝着纵深发展，才能赢得学生的钦佩，从而增强自己的教学魅力，充分地吸引学生参与到教学改革过程中来。
（二）客观而言，高三阶段的时间局限：“系统化整合教材”特别重视学生与学生的互动，学生与教师的互动，在互动讨论中发现问题，解决问题。但由于课时、学时的限制，过于频繁的交流，过于热烈的争论，往往使教学时间难以控制，特别是“系统化整合教材”提倡知识内容的完整性和系统性，使得教学计划所规定的教学内容往往在课堂教学中难以全部完成。解决的办法主要是强化课前的自我预习,深化课后的自我完善，充分鼓励学生填补“框架”空缺。只有学生真正养成了自主学习的意识，“系统化整合教材”的作用才真正显现出来。
（三）来自方法本身的局限：首先，知识体系构建的过程往往与教材知识顺序呈现的过程不完全一致，学习时就特别要求学生具有对知识系统的复原能力以及对知识系统重组、整合的能力。解决的办法是教师一开始引入“系统化整合教材”时，不可贪多求快，不可贪高求尖，不可过难过深，不可过大过空，慢慢来，扎实的基础知识是很重要的。只有一步一个脚印，反复学习操练，方能引导学生触类旁通，豁然开朗。其次，知识学习方法的形成有一个相当的过程，但效果和成绩往往要到过程的后期才能显示出来。这就要求每一位同学在建立自己的知识体系时，不能急于求成、拔苗助长，要循序渐进，贵在坚持。再次，知识的系统化对主观能力的依赖性尤其显著，它要求学生克服知识积累过程中的惰性，同时还要注意到各种知识在文字表达、课堂讲授中出现的信息转换差距。非智力因素的培养是“系统化整合教材”成功推广的必不可少的一个重要环节。最后，“系统化整合教材”所提倡的知识整体性和系统性，更多的是从共性化的原则上来把握，而每个学生的主观因素又决定了知识学习更有其个性化的特征，即使同一堂课、同一个教室、同一位老师授课，不同的学生的感受也是不一样的。同样道理，“系统化整合教材”所建立的知识系统和建立知识系统的其他可供选择的方法也是多种多样的，所以切忌生搬硬套、整齐划一。这就要求教师在教学实践中防止只重形式不抓本质，只求统一不讲个性的作法，做到个性中求共性，共性中见个性。只有共性与个性的结合，才能真正实现教育的人本化和现代化。