1949年杭州解放后，蔡堡任浙江医学院(今浙江大学)教授，主讲米丘林学说和巴甫洛夫学说。他在浙医大任教直到1986年90岁高龄。
1958年，西湖水色突然变红，蔡堡受命进行生态研究，作出蓝藻作祟的判断，采用螺蛳灭藻的方法，次年，就使湖水变清。他毕生从事教育和科学事业，研究蝾螈生活史近30年，1978年出版《东方蝾螈胚胎发育图谱》，填补了生物学的一项空白。还撰写大量关于动物胚胎、蚕体遗传等学术论文，受到生物学界称誉。生平治学严谨，教学认真，桃李遍天下，其中不乏第一流人才。著名生物学家童第周，是蔡堡在复旦大学任教时的学生。1927年秋，聘为蔡的胚胎学助教。蔡堡多次参加主编全国医药院校《生物学》、《生物学实验指导》教材。1977年，已年届八十，重上讲台，讲授遗传学。
蔡堡为民主同盟盟员，热爱祖国，热爱共产党。1951年起，历任浙江省政协委员、常委，第四、五届省政协副主席，第三、四、五届全国政协委员，省科学技术协会副主席、顾问，中国动物学会名誉理事，浙江省动物学会名誉理事长。与中国共产党共事中，勇于发表己见，被誉为“党的诤友”。多次被评为全国、省、市先进工作者。在科技、教育界德高望重。蔡堡亦精于诗词，工作之余，常作诗自娱，留有《诗集》手稿。