历史上，中日的问题可以追溯到隋唐（在神话传说中要追溯到秦朝），尤其以唐朝关系最为紧密，那是中日双方主要是日本大量派遣遣唐使来华，从政治经济文化多方面学习唐朝，自唐后就有冲突，在历史上主要有下面几次：
1、白江村之战。660年百济受新罗与支持新罗的唐朝的围攻而灭亡，百济遗臣鬼室福信向日本求援，日本应允出兵朝鲜。663年派遣23000名士兵渡海赴朝，与新罗-唐朝联军在白江村交战遭到惨败。百济灭亡，日本退守对马，壹岐。
2、文永-弘安之役。忽必烈于1268年命高丽特使赴日，表面要求建交，实质是勒令日本朝贡称臣。当时镰仓幕府执政为少壮派的北条时宗，拒绝对忽必烈进行任何答复，并命驻守镰仓的御家人南下九州积极备战。文永11年(1274年)忽必烈强征高丽平民5000人，与元军组成25000人的军队准备对日作战。在对马与壹岐击退了小股日军后进驻博多湾，与少贰景资的相同数量的日军交战。日军由于不熟悉元军战法因此处于被动地位，被迫退至九州大宰府组织新的防线。但元军就在总攻前夜被一场大风将所有战船刮沉，全军覆没。镰仓幕府逃过一劫。
弘安4年(1281年)忽必烈兵分两路，一路从朝鲜一路从中国江南进军日本。总计14万人于7月初汇合于鹰岛，但又是在总攻的前夕元军再次因大风而全军覆没。
3、庆长-文禄之役
文禄元年(1592年)在朝鲜屡次拒绝丰臣秀吉的臣服要求后，派遣16万陆军出兵朝鲜。在战争初期日本势如破竹，连克朝鲜主力，占领了京城，开城，平壤三大重要城镇。但在水战方面日军败给了朝鲜的李舜臣，补给线受到沉重打击。此时明朝应朝鲜李氏王朝的要求出兵救援。首批援军在平壤之战中遭到惨败，祖承训(日后祖大寿他爹)败退，先锋史儒战死。第二批援军由李如松率领再次入朝，经过一夜血战收复平壤，但在开城北的碧蹄馆被日军伏兵击败退守开城。双方进入短暂的休战期。
庆长2年(1597年)秀吉再派14万陆军入朝与明军交战，明军主力围攻只有加藤清正5000人守卫的蔚山城却久攻不克，最终撤退。但不久麻贵击退了新来援助的日军主力，加上丰臣秀吉病故日本开始全面撤退。在露梁海战中双方进行血战，日军损失了大量战船和士兵。明-朝联军损失也很惨重，而且失去了老将邓子龙与李舜臣。这次战役至此告一段落。
4、中日甲午战争，这个大家都知道北洋水师全军覆灭中国惨败，签订《马关条约》清政府承认朝鲜“独立自主”；割辽东半岛、台湾、澎湖列岛及附属岛屿给日本；赔偿日本军费白银二亿两；增开重庆、沙市、苏州、杭州为通商口岸，开辟内河新航线；允许日本在中国的通商口岸开设工厂，产品运销中国内地免收内地税。
中日问题的现在和未来都是在这个条约上埋下的，
5、1900年6月，日本参加了八国联军侵华战争，清政府战败后，1901年，被迫与包括日本在内的八国签订了丧权辱国的《辛丑条约》，中国完全沦为半殖民地半封建社会。
6、1914年，第一次世界大战中，日本以对德宣战的名义，强占了中国的山东，1919年1月至6月的“巴黎和会”上，帝国主义无理地将大战前德国强占山东的特权交给了日本，1915年1月，日本政府以支持袁世凯称帝为交换条件，向袁世凯政府提出了旨在中国的“二十一条”，袁世凯全部接受，引发了“五四运动”。
7、1931年9月18日，日本制造了“九一八事变”，侵占了东北三省，1936年2月，日本建立了军部法西斯，形成了世界大战的亚洲策源地。1937年7月7日，日本制造了“七·七事变”，发动了全面侵华战争，1937年12月，日军攻占了南京，制造了“南京大屠杀”，对中国人民犯下了滔天暴行。
8、1945年抗日战争胜利后，台湾回到祖国的怀抱。钓鱼岛是中国无可争议的领土，但二战后，美国却在上面建起靶场，没有归还给中国，而1971年美国又将钓鱼岛交托日本，这就是现在的钓鱼岛问题。
9、至于未来吗，谁也说不好，但是现在中日之间关于领土主权争议问题核对历史的态度，本来是可以通过政府间坦诚、冷静、务实的协商加以处理的，而日本方面一再制造事端，试图将中国领土并入日本，否认历史这是中国人民坚决不能接受的。