综合科目仍然用山东卷。
文科综合2012年必做题部分的题目增加到6道题，思想政治、历史 、地理各2道题，不过分值不变，仍为110分，这6道试题只涉及单学科的内容，不涉及跨学科综合。
和文科综合相比，理科综合试题结构调整更大。理科综合第Ⅰ卷选择题中，物理 、化学都是 7道题，但是物理每道题的分值由去年的4分增加到5分，化学仍然是每题4分；生物由去年的8道题减为6道题，分值也仍为每题4分。
理科综合第Ⅱ卷分必做题和选做题两部分。和 2011年相比，必做题部分分值增加，而选做题部分分值减少。必做题部分分值由去年的120分增加到129分，其中物理3道题，46分；化学3道题，42分；生物4道题，41分。物理试题数量不变，分值较去年增加1分；化学不变；生物从去年的2道题增加到4道题，分值也增加8分。选做题部分，今年针对物理的3个选修模块、化学的3个选修模块、生物的2个选修模块，共8个选修模块，对应命制8道题，每题8分。考生须从中选择1道物理、1道化学、1道生物试题作答，共24分。而2011年，考生则要选择2道物理 、1道化学和1道生物题作答，共32分。
分析：这一变化，使得物理选修模块学得很棒的考生，失去了优势。此外，2012年生物选考内容从2011年的生物选修1、生物选修3变为生物技术实践、现代生物科技专题。
基本能力全考选择题
2012年山东省基本能力考试的形式和分值都与去年相同，试题设计和去年差别很大。
2012年的基本能力试卷，则分为第一部分和第二部分，并且两部分均为选择题。第一部分约 70题，每题1分，约 70分，在每题给出的四个选项中，只有一个选项最符合题目要求，也就是说，第一部分这70分都是单选题。
第二部分约15题，每题2分，约30分。在每题给出的四个选项中，有的只有一个选项符合题目要求，有的有多个选项符合题目要求，全部选对的得2分，选对但不全的得1分，有选错的得0分。
理科综合
考试内容：1.物理 ，必考内容为物理 1、物理 2、物理选修3-1、物理选修3-2，选考内容为物理选修3-3、物理选修3-4、物理选修3-5。2.化学，必考内容为化学1、化学2、化学反应原理，选考内容为化学与技术、有机化学基础、物质结构与性质。3.生物，必考内容为生物1、生物2、生物3，选考内容为生物技术实践、现代生物科技专题。
考试形式：考试采用闭卷、笔试形式。考试限定用时为150分钟。
试卷结构：试卷分为第Ⅰ卷和第Ⅱ卷，满分为240分。第Ⅰ卷为选择题，全部为必做题。命题范围为物理、化学、生物三个学科的必考内容。物理7道题，每题5分；化学7道题，每题4分；生物6道题，每题4分，共20道题，87分。其中化学、生物题为单项选择题，物理题为不定项选择题。
第Ⅱ卷分必做题和选做题两部分。必做题部分命题范围为物理、化学、生物三个学科的必考内容，其中物理3道题，46分；化学3道题，42分；生物4道题，41分，共10道题，129分。选做题部分针对物理的3个选修模块、化学的3个选修模块、生物的2个选修模块，共8个选修模块，对应命制8道题，每题8分。考生须从中选择1道物理、1道化学、1道生物试题作答，共24分。