相对顺序志愿填报方式而言，平行志愿在一定程度上降低了志愿填报风险，但平行志愿同样存在一定的风险。
其一，按照平行志愿投档的批次，提档比例原则上控制在105%以内，投档人数多于录取人数。如某高校招生计划为100人，提档比例为102%，则被提档的102名考生中，肯定有2人面临退档风险，分数越接近投档线的考生风险越大。（假设学校不增加计划）有的省试行平行志愿100%的投档，还有一些高校承诺提档不退档，这些做法都降低了考生被退档的风险。
其二，由于考生对自身实力估计过高，高考成绩未能达到填报的所有平行志愿高校的投档线，根本不会被投档，录取与否也就无从谈起。
其三，考生虽然达到了学校的投档分，却没有达到所报的专业分，而又不服从专业调剂，那么将会被退档。
其四，各平行志愿高校间没有梯度，投档成功率会下降。
实行平行志愿后，考生投档后被退档的理由，主要是高考总分低、专业不服从调剂、单科成绩不符合要求、体检不合格等。退档后，考生只能参加征集志愿或下一批次录取。